Управление организацией осуществляется в соответствии с федеральными законами, иными нормативными правовыми актами и Уставом организации на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Руководителем школы является директор – протоиерей Григорьянц Димитрий Александрович, который назначается Учредителем и осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации. Как духовник он определяет стратегические направления развития школы как православного общеобразовательного учебного заведения.

Для оперативного руководства различными аспектами деятельности школы назначен заместитель директора по общим вопросам – Светлана Викторовна Борисова, которая планирует и контролирует работу и обеспечивает эффективное взаимодействие подразделений школы, формирует отчётные документы организации, осуществляет общее руководство школой, а также осуществляет взаимосвязь с родительским сообществом и внешними образовательными структурами, муниципальными и епархиальными.

Оперативное управление образовательным процессом в школе и реализацию основных управленческих функций обеспечивают заместители директора:
• по учебно-воспитательной работе – Светлана Альбертовна Каприелова
• советник директора по воспитанию – Ольга Владимировна Григорьянц
• по научной работе – Ирина Васильевна Ширнина
• по административно-хозяйственной деятельности– Алексей Николаевич Борисов

Коллегиальными органами управления школы являются:
• Общее собрание работников
• Педагогический совет
Коллегиальные органы работают в тесном контакте с методическими объединениями педагогов и временными рабочими группами, создаваемыми для реализации конкретных проектов.
Филиалы, представительства и структурные подразделения отсутствуют.